В первую очередь гликоген расходуется в наиболее используемых мышечных волокнах, что ведет к сокращению числа волокон, способных производить необходимое мышечное усилие (например, поддержание определенного темпа бега). Это может объяснить падение скорости/мощности при истощении запасов гликогена.
Также неравномерно он расходуется и в других мышцах. Например, во время бега, икроножные мышцы могут потреблять больше гликогена, чем латеральные головки квадрицепса. Это может быть важно, когда мы, например, планируем готовиться к марафону, выполняя значительную часть объема тренировок на велосипеде или эллипсоиде (или используя любые другие неспецифичные кросс—тренировки). И увеличение запасов мышечного гликогена — одна из задач специфичной для вида спорта тренировки (например, если мы только крутим велосипед, икроножные мышцы не смогут адаптироваться для того, чтобы запасти достаточно гликогена, который понадобится икроножным мышцам на марафоне).